Por lo que tengo entendido, mediante "Calibre" (muy bueno, desde mi punto de vista) puedes conectar el kindle al equipo y pasarle los libros que tengas, convirtiéndolos al formato leído por el lector (soporta conversiones entre muchos muchos formatos)
También tienes el Mobipocket Creator, casi específico para el tema.
Edit: errores de conversión siempre vas a tener, un soft no puede hacer milagros. Queda de tu parte detectar los posibles errores y repararlos mediante la edición manual del fichero generado.
En cualquier caso, si indagas un poco casi seguro que encuentras alguna comunidad de usuarios de kindle que posea una biblioteca medianamente aceptable y "casi" libre de errores.