Ageha Yoshina es un estudiante de secundaria problemático, pero que siempre trata de ayudar a los demás. Cuando un día va de vuelta a casa coge un teléfono público que sonaba, pero no recibe respuesta, es entonces cuando ve a Némesis Q y encuentra la tarjeta de llamada en la que se puede leer la palabra “PSYREN”.

Al día siguiente en el colegio se encuentra la cartera de una chica de su clase, Sakurako Amamiya, en esa cartera hay otra tarjeta como la que había obtenido en la cabina. Al devolvérsela ella parece agitada y trata de marcharse. Ageha advierte que esta en problemas y le ofrece su ayuda, ella responde con un susurro: “Sálvame”. Tras ese encuentro Amamiya no regresa mas a la escuela.

Ageha, advierte que la desaparicion de Amamiya se relaciona con Psyren y busca mas informacion, sin embargo sus pesquisas no le llevan a ningun lado: la tierra prometida, una organizacion secreta, un culto, Psyren es una leyenda urbana sobre la que todos rumoran, pero de la que no existe nada verificable. Decidido a ayudar a su compañera usa la tarjeta que obtuvo de Nemesis Q para contactar con Psyren. Tras responder a un larguísimo cuestionario se le pregunta si quiere ir a Psyren. Al día siguiente, tras ser atacado por unos hombres que se hacen pasar por policías, escucha que le llaman al móvil y al coger el teléfono es transportado por Némesis Q al mundo de Psyren, se acaba de convertir en un Psyren Drifter.

Psyren está habitado por unos monstruos llamados Tavoos, los cuales matan a todos los humanos que ven. Allí se encontrará con una Amamiya gravemente herida y con Hiryuu Asaga, un antiguo compañero de la escuela primaria que había ido a Psyren para buscar a su amigo Tatsuo, los tres conseguirán llegar al punto de salida del “juego”, y así empezará a conocer los secretos de Psyren de boca de Amamiya y de su maestra Matsuri Yagumo, que les dirá que Psyren no es un juego, sino el futuro y que por haber llegado allí ellos podrán utilizar el poder reprimido de su mente, el Psi.

Los tres seguirán viajando a ese futuro para averiguar qué ha ocurrido y cambiar el presente para evitar esa catástrofe, para ello contarán con la ayuda de nuevos Psyren Drifters, Oboro Mochizuki y Kabuto Kirisaki, que les seguirán en su lucha contra WISE, la organización secreta que está detrás de tanta destrucción.