La película comienza con un ataque al Konoha por unos extraños ninjas que vuelan por los cielos de Konoha, y que despúes de realizar su ataque regresan a su base, Naruto se encuentra a un herido por el ataque y un extraño anciano le pide ayuda para rescatarlo y darle los primeros auxilios, más tarde una chica llega al hospital buscando a su maestro que resulto ser el anciano que estuvo dando los primeros auxilios a los aldeanos.

Orochimaru le encarga a Sasuke la búsqueda d ecierta persona que le enseño las técnicas prohibidas de resurección y quiere que Sasuek lo traiga ante él.

La chica, de nombre Amaru, venía buscando a su maestro, Shindou, para pedirle ayuda ya que su aldea fue atacada la noche anterior por unos extraños ninjas. Amaru y Shindou son escoltados hacia su aldea por Naruto, Sakura y Hinata quien al llegar se encuentran con la aldea destruida y en un intento por salva a Amaru de una trampa muere Shindou atravesado por varios Kunais.

Al mismo tiempo, un equipo formado por Shikamaru, Sai, Kakashi y Shino encuentran la fortaleza enemiga y deciden atacar, primero Sai los distrae para darle tiempo de infiltrarse a Shino mientras de Shikamaru prepara el plan.

Naruto descubre que Amaru está siendo poseída por el Reibi (cero colas) y recurre a su poder de Kyubi para derrotarlo primero libera 3 colas y despúes la cuarta y última, pero al ver caer un sello dado pro su maestro Jiraiya regresa a su forma normal y rescata a Amaru.

Los 4 van en busca de los aldeanos porque creen que escaparon de aldea y se encuentran en unas aparentes ruinas que en realidad son una fortaleza voladora al supuestamente difunto Shindou. Éste les explica el porque del reibi y el Chakra oscuro haciendo una demostración de su técnica de resurección haciendose mucho más jóven y fuerte golpeando mucho a Naruto, cuando finalmente logra sobrellevarlo y al estar a punto de acabarlo alguien le quita su rasengan.

Al parecer Sasuke está aquí y pretende llevarse a Shindou y como medida de precaución sasuke lanza sus ahujas de chiori para sellar su flujo de chakra que logró ver gracias a su chidori. Shindou le entrega un pergamino que robo a Konoha que contiene el poder del reibi a Sasuke y escapa pero Naruto y Sasuke lo siguen.

Shino logra con éxito la infitración y destruyen la fortaleza enemiga que los atacó mientras que en la fortaleza Anchor Vantian Sasuke y Naruto encuentran a Shindou manipulando al Reibi y logrando que absorba el Chakra de Naruto y Sasuke, después de golpear a ambos, Sasuke se da cuenta de que la clae para vencer es sobrecargar de Chakra al reibi y activa su sello maldito nivel 2 y al ver esto Naruto también envía su chakra del Kyubi para derrotar al Reibi.

Amaru rescata a los aldeanos que eran prisioneros que suministraban chakra al Reibi y tratan de escapar en un barco, naruto les quiere ayudar y los manda en un artefacto volador y con un rasengan también baja a Sasuke para quedarse solo en la Anchor Vantian. A base de su rasengan de determinación la destruye y al caer en el aire es atrapado por Amaru y finalmente salvado de la caida por Gamabunta que fue combocado por Jiraiya.

Sasuke entrega el pergamino a orochimaru y hace su jutsu Chidori Kouken formando el kanji de "fin".