Partiendo desde este hecho, este juego desarrolla una admirable historia, en la cual encarnaremos el papel de una personaje (Crono) quien en un aniversario en su pueblo se topa con una princesa (Marle), pero en ese instante no se da cuenta de ello, ella lo sigue y el la lleva a recorrer la feria del pueblo. Allí van a ver la exposición tecnológica de su amiga (Lucca) la cual habla sobre un tele transportador que a muchos no les importa, pero a la princesa si, cuando ella sube a la maquina, y esta empieza a funcionar, las cosas no salen como Lucca y su padre esperaban y Marle desaparece dejando detrás de ella una especie de collar. Crono lo toma y decide ir a buscarla, Lucca le ayuda a transportarse y va a otro lugar desconocido, encaminando a la aventura que les aguardaba.

Pasando peligros y obstáculos, Crono llega al castillo y se da cuenta que a Marle la han confundido con la Reina, y lo hace ver como su amigo ante la gente del Palacio. El canciller del lugar, no confía en esto y actúa de manera extraña, cuando Crono va a ver a Marle a la habitación de la Reina, esta desaparece de nuevo. Haciendo que Crono vuelva a buscarla, antes de salir se encuentra con Lucca quien había creado un artefacto para viajar en el tiempo y ayudar a su amigo a encontrar a la Marle, Lucca le comenta a Crono que Marle es una princesa y que si muere la Reina de esa época ella desaparecerá, así que proceden a encontrar a la Reina y Marle. En el camino se encuentran con un sapo que puede hablar (Frog) quien también decide ayudarlos en su misión ya que el también está en búsqueda de la princesa. Después de tanto buscar se enteran que el canciller está detrás de todo el problema y tiene secuestrada a la Reina, entonces les muestra su verdadera forma y pelean contra él. Cuando lo derrotan rescatan al verdadero canciller y a la verdadera Emperatriz, el sapo se separa de ellos y se marcha. Marle aparece de nuevo y deciden regresar a su verdadera época: El presente.

Cuando llegan y van al castillo de Marle, Crono es acusado de secuestrar a Marle, y es judicializado y lo dan por culpable ante el público y piden que sea ejecutado en 3 días. Marle pide que no lo hagan, pero su padre dice que no, se llevan a Crono y lo encierran. En su celda, Crono trata de escapar y destruye una maquina del lugar. Lucca se encuentra con él y salen del lugar. Más adelante Marle se les une y escapa con ellos, y deciden huir en uno de los portales del tiempo que aparece en aquel lugar. Luego de usarlo aparecen en el futuro y notan que todo está destruido y sin esperanza. Buscando el porqué de todo esta así, y se dan cuenta de una criatura, llamada Lavos, destruye todo el planeta en el año de 1999, ellos deciden buscar a Lavos en el tiempo y detenerlo para evitar que el mundo sea destruido y así poder cambiar esa mala historia del futuro.

Mas delante de eso se encuentran con un robot (Robo) que le llama la atención a Lucca y esta decide repararlo. Cuando el robot está totalmente operacional, queda muy agradecido con Lucca y se une a ellos. Después de ser rechazado por su comunidad de robots, Robo esta más que seguro de irse con sus amigos nuevos a salvar el planeta. Cuando van al siguiente portal van a una dimensión paralela llamada el fin del tiempo donde un extraño señor se encuentra allí, y les comenta que para avanzar deben aprender magia. Cuando la aprenden, va al presente pero a un lugar extraño que es habitado por monstruos y descubren que allí hablan de su enemigo en común: Lavos. Con la información que obtienen se dan cuenta que Lavos fue invocado en el año donde rescataron a la Reina por un tal Magus, y deciden ir a esa época de nuevo, estando aquí también se enteran que la espada Masamune les serviría para derrotar a Magus y así “evitar” a Lavos.

Deciden ir a por la espada, pelean contra los guardianes de esta, Masa y Mune. Cuando les ganan obtienen la mitad de la espada y se disponen a encontrar la otra mitad, la cual está en la casa de Frog, quien había perdido las esperanzas de luchar. Crono y sus amigos se llevan las mitades de la espada ante Melchior, porque había dejado su nombre grabado en ella, y supusieron que era el creador, este personaje se encontraba en el presente, así que fueron a hacerle una visita. El les dijo que si era el creador pero que para reparar la espada necesitaban una piedra de la prehistoria y en esa época ya no se encontraba, así que ya no habría forma de arreglarla. Así que entre ellos se dieron cuenta que su misión era viajar a la prehistoria y retraer esa piedra.

Al llegar a esa época se encontraron con una chica algo extraña (Ayla). Una cavernícola que le gustaban las peleas y era muy fuerte. Ella les habla de la piedra y que está luchando contra los Reptites y ella es la líder de la villa donde vive. Ayla les comenta lo que acontece en el lugar y decide hacer una fiesta. Allí le da la piedra a Crono, pero los Reptites se la llevan junto al aparato de Lucca para transportase en el tiempo. Ayla se les une para recuperar las cosas. Luchan para salvar a la gente de Ayla y recuperar las cosas de Crono. Luego de tener las cosas, Ayla decide seguirles y viajan al presente donde Melchior para reparar la Masamune. Cuando esta lista, van al pasado y le entregan la espada a Frog, para que luche contra Magus y no pierda la esperanza, y también pueda cumplir su venganza por su buen amigo Cyrus, al cual Magus mato. Abren la cueva Mágica con el poder de la Masamune, y se dirigen hacia el castillo de Magus.

Se enfrentan a los generales de Magus y se abren paso hacia donde se encuentra este y lideran una gran Batalla. Cuando termina, se abre un poderoso vórtice dimensional causado por la interrupción del hechizo de Magus para invocar a Lavos y los lleva de nuevo a la prehistoria, y esta vez luchan una vez más contra los Reptites, para ello, buscan los pterodáctilos para llegar al castillo de los enemigos. Cuando derrotan al jefe del lugar, ellos descubren que Lavos no fue invocado sino que llego a ese lugar en forma de meteoro desde el espacio y estableció en la tierra para absorber energía hasta su salida. Observan la llegada de Lavos en forma de meteoro y se acercan al gran cráter para encontrarse con un nuevo portal dimensional que los llevaría a una extraña época.

Era la antigüedad, allí notan que hay personas que tienen extraños poderes y también que aquellos que no tienen poderes están aislados. Se encontraban en el reino mágico. El cual quedaba en un continente flotante, allí descubren que la Emperatriz (Zeal) de aquel lugar había mandado a crear un aparato que le absorbía la energía a Lavos ya que creía que le daría la vida eterna. Así que tratar de detener a Lavos aquí no sería fácil ya que la Emperatriz se los impediría. Un extraño profeta advirtió a la Emperatriz de la llegada de los aventureros y estos fueron expulsados del reino mágico y el portal fue sellado.

El grupo fue a hablar con el guía del fin del tiempo y este les dijo que había una maquina capas de viajar en el tiempo llamada Wing of Time (Alas del Tiempo) la cual se encontraba en el futuro. El grupo viajo hasta allí y encontraron el lugar donde Baltasar, había creado aquella maquina que les ayudaría a llegar al reino mágico de nuevo. Cuando la consiguen, deciden cambiarle el nombre a Epoch y regresan de nuevo a la antigüedad a enfrentarse a la Emperatriz y a Lavos. Aquella Emperatriz quería usar los poderes de su hija (Schala) para lograr su cometido, esta se veía obligada ya que no quería realizar dicha acción porque sabía los problemas que traería al mundo, así que Crono y sus amigos deciden detener a la Emperatriz y evitar que le dé a Lavos el poder suficiente para destruir el mundo. Así que se encaminaron al Palacio Oceánico, luchando con todas sus fuerzas para detener el mal que allí se formaría. Pero fracasan al intentar detener a la Emperatriz, quien despierta a Lavos. En ese instante el falso profeta revela ser Magus quien intenta acabar con Lavos buscando venganza.

Pero Lavos lo derrota fácilmente y le absorbe sus poderes. Crono tratando de salvar a su grupo es asesinado por Lavos, y cuando este estaba a punto de matarlos a todos, Schala usa su poder para sacarlos de ese lugar y dejarlos donde el resto de humanos yacían. El grupo lamenta la pérdida de su miembro, y mientras eso pasaba, Dalton, uno de los generales de la Emperatriz, decide autoproclamarse soberano del mundo y captura al grupo, llevándolos a su fortaleza (Blackbird) junto con el Epoch. Dalton con sus secuaces reconstruyen el Epoch dándole la capacidad de volar y también colocándole armas. El grupo escapa y recuperan el nuevo Epoch lo usan para destruir la Blackbird y derrotan a Dalton.

Tristes por la muerte de su amigo Crono, se encuentran con Magus, quien empieza a insultar la memoria de Crono, esto enoja a Frog quien decide acabar con Magus y completar su venganza (Aquí interviene la decisión del jugador, si peleas contra Magus y le ganas no lo cogerás como personaje y no te dirá como recuperar a Crono, pero si no peleas contra el se unirá a tu grupo y te ayudara a luchar) pero se da cuenta que ya no es necesario pelear y decide perdonar a Magus. Este les revela que el viejo del fin del tiempo es Gaspar y que conoce el secreto para revivir a Crono, también les dice que el es Janus el hermano de Schala y que solo busca venganza de Lavos.

El grupo viaja al fin del tiempo, y hablan con Gaspar, quien les da un artefacto en forma de huevo llamado Chrono Trigger y les indica cómo usarlo. Ellos siguen los pasos tal como se los indico Gaspar y logran viajar en el tiempo de forma especial en el momento justo en el crono es asesinado y lo cambian por un muñeco parecido a él (lo consigues en la feria XD). De nuevo el grupo reunido, se dan cuenta de que la Emperatriz está viva y ha resurgido de nuevo el Palacio Oceánico y que ahora se llama Black Omen (Presagio Negro). Logran infiltrarse allí para acabar de una vez por todas con la pesadilla de Lavos (En el juego si quieres antes de venir aquí, puedes hacer cosas opcionales que te indica Gaspar para obtener armas poderosas y muy buenos equipamientos para todos los personajes que te serán de gran ayuda en esta batalla), después de pasar tantos obstáculos y recorrer el interminable Black Omen, y encuentran a la Emperatriz, quien ahora era una marioneta de Lavos. Cuando la derrotan, todo se empieza a destruir y solo queda algo por terminar: Lavos. El grupo decide ir a terminar con eso de una vez por todas y se enfrentan a Lavos. La gran batalla comienza, Crono y sus amigos derrotan el cascaron de Lavos, y entran a este para toparse con otra forma de Lavos, una vez lo destruyen se disponen a pelear con la verdadera forma de Lavos: el núcleo. En una feroz batalla por salvar el mundo, Crono y su grupo salen victoriosos y acaban con Lavos finalmente. (Ya puedes descansar te pasaste uno de los 13 finales del juego XD). El grupo entero se reúne en la época de Crono (el presente) para celebrar su victoria y finalmente cada uno se despide y toma su camino (Veras el final diferente dependiendo como llegues a Lavos).

en la cueva que por dnde se entra para llegar al castillo de magus hay 3 peleas con varios mounstros,una forma facil para acabarlos con ellos,es usar un tech doble de rango grande(ej:ice II,laser beam,etc),con esto ganas 28 en total de las 3 peleas,puede que aburre pero si quieres anar puntos sin hacer casi nada,es la mejor opcion :B