pues ami me pasaba lo mismo
pero casi siempre con cualquier emulador
"segun" un primo que es ingeniero en computadoras
me dijo que ala mejor caducaron los drivers de video
intenta actualizar los drivers o cambiarlos.
esto es lo que encontre ne un pagina
Muy probablemente se debe a que tienes un problema del hardware o del sistema operativo. No hay problemas conocidos con el project64 que causen un cuelge del sistema. Intenta un test exhaustivo de tu PC para asegurarse de que no hayan fallas (ej: corriendo un programa de optimización toda la noche). Recomendamos actualice los drivers de su tarjeta de video y los API directx. Intente usar otro emulador e intercambie los componentes. Si su PC funciona bien sin ninguna falla con la excepción del Project64, busque ayuda en este Tema.
la pagina no la pongo por obvias razones.
pero un poco de google no daña
espero que te haya servido