Al final de la "Guerra Maveric" nos enteramos de que Zero está infectado con el virus sigma.
[En realidad, Zero no está infectado con el virus Sigma sino que él era la fuente del virus original y el virus sigma es una mutación de este virus original. pero eso va para más adelante]

Luego de que Zero descubre que es un portador de este peligroso virus, Zero decide ponerse en animación suspendida y aislarse del mundo para evitar futuros brotes del virus.
[La mayoría de los brotes anteriores fueron culpa de Zero mientras viajaba por el mundo]

Es en esta época en que X queda sólo para preservar la paz del mundo, mientras otros científicos tratan desesperadamente de encontrar una manera de erradicar definitivamente el virus sigma y ponerle fin a la guerra.
Entre ellos hay dos que tienen dos enfoques totalmente distintos, Wile y un antepasado de Ciel.
Wile prefiere la erradicación a la fuerza del virus al destruir a todos los infectados mientras el antepasado de Ciel investiga para crear un antivirus.
Ambos encuentran a Zero y se dedican a investigarlo para seguir adelante con sus planes.
El antepasado de Ciel termina por crear un antivirus a partir de parte del código del virus que contenía Zero y así termina creando a Mother Elf. Luego, a partir de a data de Mother Elf se terminan desarrollando los cyber-elves.
Mientras tanto, Wile crea una replica de Zero y transplanta su conciencia al nuevo cuerpo mientras él se roba el cuerpo original y lo modifica para crear el arma suprema de destrucción, Omega Zero.
Además, se roba a Mother Elf justo antes de que fuera usada para erradicar el virus sigma y la corrompe para hacer surgir su lado oscuro (la data del virus original que hay en ella) para convertirla en el Dark Elf y así usarla junto a Omega Zero para destruir todo para luego volver a construir una nueva sociedad a partir de las cenizas.

Aquí es donde comienzan la Guera de los Elfos (Elf Wars) donde se desarrollan los cyber-elves con parte de la data que quedó de la investigación para el desarrollo del Mother Elf.
Debido a que Wile destruyó la mayor parte de la información y se robó el cuerpo original de Zero (el que contenía el virus original), es todo lo que pudieron hacer para hacerle frente a Omega Zero y el Dark Elf.
Aquí es cuando Zero es despertado para ayudar a X a hacerle frente a los planes de Wile.

Zero y X ganan.
Omega Zero es sellado en una nave espacial y enviado al espacio.
Wile puesto en una máquina regeneradora (que le impide morir) y es desterrado al desierto creado por la destrucción de la guerra condenado a sufrir eternamente en soledad.
Zero decide volverse a dormir mientras que X se encarga de mantener la frágil paz conseguida.
Debido a que no pudieron restaurar al Dark Elf a su forma de Mother Elf su influencia termina por crear nuevos conflictos que X se encarga de aplacar uno tras otro para luego desaparecer junto con el Dark-Elf.
[Aquí es cuando X usa su cuerpo para sellar al Dark Elf en su interior.]

Mientras tanto, la humanidad que ya no cuenta con su guardian, mira con temor al futoro que le depara...

Es entonces cuando hace aparición Ciel, quien investiga sobre X y desarrolla una copia de X para que proteja a la humanidad (Copy X) junto con otras copias parciales del X original que son los Guardianes.
Copy X funda Neo Arcadia y ahí es cuando epezaría la historia que se desarrolla en los juegos de Megaman Zero.

Luego, en Megaman ZX nos enteramos que los biometal no son más que un material especial que tienen encapsuladas la esencia y voluntad de los antiguos guerreros caidos en batalla durante la saga de Megaman Zero.
Todos los guardianes junto con Zero fuero destruidos con Ragnarok pero no murieron. Parte de ellos siguieron vivos en forma de biometal