Mira, en primera, yo no uso el Vocaloid, yo uso el Pocaloid, que es la versión hacekeada del Vocaloid, el cual corrige varios errores del Vocaloid en ordenadores occidentales.
Pero de lo que me dices que te pasa, a de ser que no has asignado un valor numerico a cada Vocaloid.
Cuando instalaste a Miku, seguro que te puso por defecto el "character 0" por defecto. Al instalar a Rin/Len, debiste haber puesto a los con otros número que no fueran el cero (del 1 hasta el... creo que el máximo es 50).
Si tu Rin y Len tienen también por número cero, al igual que Miku, el programa leera solo a Miku, pero a Rin/Len no.
Ahorita ando ocupado por mi trabajo y mis propios talkloids, pero trataré de hacer un videotutorial de cómo instalar y usar Vocaloid/Pocaloid y alli explicaré a detalle esto que te paso.
No eres el primero al que le sucede. En la Red hay varios casos similares