Pues la verdad no se, yo puedo jugarlo sin problemas durante un largo periodo de tiempo, y no hice nada adicional a lo que comento en el tema; yo baje el rom limpio, lo parchee con Pokefix, configure NO$GBA y guarde esa configuración, cerre No$GBA, luego abri el rom parcheado y juego sin ningun problema.
Por cierto, la ultima versión de Winds Pro es de Marzo:
WinDS PRO: WinDS PRO 2010.03
Suerte