Makoto Itou, un estudiante de preparatoria, se empieza a interesar en una chica que ve en el tren durante el camino a la escuela, Kotonoha Katsura, e incluso se las ingenia para sacarle una foto con su móvil. Debido a cambios de sitio de los alumnos en su clase, él se termina sentando al lado de Sekai Saionji, quien al curiosear en el móvil de Makoto mientras hablaba con él, descubre su enamoramiento y decide ayudarlo hasta que Kotonoha Katsura acepte salir con él.
Gracias a Sekai, Makoto finalmente le declara sus sentimientos a Kotonoha y esta le corresponde. Más tarde mientras Makoto esperaba a Kotonoha y Sekai esperaba su tren en la estación, él le da las gracias a Sekai por haberlo ayudado con su relación con Kotonoha y le dice que se lo pagará, Sekai aprovecha el momento para robarle un beso a Makoto y le dice que con eso bastará.
Debido a la indecisión de Makoto sobre sus sentimientos hacia Kotonoha y Sekai, empieza la historia de Drama y Romance "School Days"

Minami Itsuki, apodado "Ikki", es un adolescente que, tras perder a sus padres fue dejado a cargo de la familia Noyamano, cuatro hermanas que tampoco tienen padres (de mayor a menor: Rika, Mikan, Ringo y Shiraume). Se hace llamar "Baby Face, el más fuerte de la zona este". Durante una pelea entre bandas por ver quien lidera el territorio, un chico de la banda que Ikki acaba de derrotar amenaza a los Guns del este (la banda que lidera Ikki)diciendo que los Skull Saders se vengarán por ellos. Así, Ikki es engañado y llevado en presencia de los Skull Saders, que le propinan una brutal paliza. Esa noche, alguien despierta a Ikki mientras duerme. Se tratan de Mikan, Ringo y Shiraume, que ataviadas con llamativas ropas y enfundadas en unos Air Treck, invitan a Ikki a conocer el mundo de la noche. Ikki despierta pensando que todo ha sido un sueño, pero para su sorpresa a los pies de su cama se encuentra con unos AT. Ahora se acaba de sumergir en un nuevo mundo que irá descubriendo poco a poco.

Los que usan AT, llamados Storm Riders, son clasificados por rangos. Hay 6 clases: Clase-F (para principiantes), Clase-E, Clase-D, Clase-C, Clase-B, y Clase-A. Luego esta la clase de Élite, conocida como clase S.

La organización básica de los Storm Riders son las bandas. Estas deben estar formadas por al menos cinco personas. Cada banda posee un emblema y un territorio que defender. Estos pueden ser perdidos si se apuestan en la Guerra de Partes, si lo que se pierde es el emblema, el grupo se disuelve.

Guerra de Partes - Estas son las peleas que pueden hacer los Storm Riders para conseguir piezas de AT o territorios. Los equipos que se enfrentan no tienen por qué tener la misma clase. Hay algunos grupos que apuestan sus emblemas, si eso ocurre y pierden, el grupo se disuelve. También se puede apostar el territorio. Hay seis niveles:

Clase-F - "Carrera" - Una carrera contra sus oponentes.
Clase-E - "Obstáculos" - Deben de saltar los obstáculos que se les ponga hasta llegar a la meta.
Clase-D - "Cubo" - Peleas de uno contra uno en distintas áreas
Clase-C - "Aire" - Intentar echar al oponente mientras se salta por un poste.
Clase-B - "Disco" - Pasarse un disco entre los compañeros sin que te lo quiten hasta llegar a la meta.
Clase-A - "Globo" - El equipo pelea para coger un globo donde están los emblemas.

Los mejores Storm Riders son nombrados "Reyes", cada uno posee su propia Regalía, una pieza única, diseñada especialmente para él, que le otorga un gran poder basado en su "Sendero".

En un futuro, la Tierra ha sido superpoblada y sus recursos naturales y ambiente se encuentran en un estado pronto a desaparecer. En esta situación se crea el proyecto "Semillas", en el cual, para asegurar la supervivencia de la especie se envía a al espacio una flota de naves de última tecnología en las que están contenidas en animación suspendida un gran número de personas.

Estas naves usan como sistema de alimentación las llamadas "Plantas", un generador de energía que en cuyo núcleo aloja una entidad que es casi energía pura y sirve como fuente de poder para la nave.

En una de estas naves una pequeña tripulación se encarga de guiar y buscar un planeta que pueda acoger a la raza humana. Un día, una anomalía los conduce hasta el reactor para descubrir allí que no solo la Planta ha dado a luz dos recién nacidos, sino que a diferencia del resto de su especie, su aspecto es más humano y pueden sobrevivir fuera del reactor.

Contrario a la opinión general, un miembro de los tripulantes llamada Rem Savelem, insiste en protegerlos y los cría como dos niños humanos, llamándolos Vash y Knives. En un año logran crecer hasta la adolescencia. Pero una catástrofe lleva a la tripulación a la muerte y a las naves a estrellarse contra un planeta desértico. Sin embargo Lem salva las naves a costa de su vida. Solo Vash y Knives sobreviven, para descubrir que toda la tragedia fue obra de Knives.

Los supervivientes logran despertar y comienzan a establecerse en éste agresivo mundo, utilizando los restos de una tecnología que no comprenden y tratando de satisfacer sus necesidades, crean una civilización muy similar al viejo Oeste norteamericano, creando grandes ciudades y pueblos cerca de las ruinas de las naves, ya que las Plantas aun otorgan energía y protección contra el nocivo ambiente del planeta.

Bajo el cuidado de su familia adoptiva, Saya Otonashi ha estado viviendo como una persona amnésica, pero fuera de eso como una adolescente ordinaria. La vida feliz y pacífica de Saya se ve afectada para siempre cuando es atacada por un quiróptero (vampiro en elmanga), un monstruo hematófago con apariencia de murciélago gigante que se alimenta de sangre humana; entonces ella se da cuenta que es la única persona capaz de derrotarlos.

Tras esto y, tras la muerte de su padre adoptivo, Saya se marcha de la ciudad de Okinawa, en donde vive, para enfrentarse a la amenaza de los quirópteros alrededor del mundo. A Saya la acompañan sus dos hermanos, algunos amigos y su caballero Haji, en un viaje lleno de sorpresas que llevará a Saya a descubrir más sobre la naturaleza de los quirópteros y sobre su propio pasado, que se remonta hasta mediados del siglo XIX.