WindsPro no es en si mismo un emulador, sino que es un pack de emuladores de Gameboy Advance y Nintendo DS previamente configurados, usando las versiones SVN mas recientes disponibles. De hecho ayer salió la versión 2011.12
De ese pack usualmente utilizo VBA-M, Desmume y No$GBA (No$Zoomer), mi consejo para cada uno sería:
Desmume: en Config - 3D dejar Softraizer y desactivar todo excepto el de mostrara texturas.
Activar en emulación el parche de velocidad y desactivar todos los demás, si tienes los archivos bios7 y bios9 podrías usarlos, aunque no se en detalle el cambio en rendimiento.
Desactiva autoframe skip y dejale frameskip 4
VBA-M: Ten cuidado al jugar Pokemon Leaf Green o Fire Red, pues WindsPro incluye el VBA-Over que mejora la compatibilidad con algunos juegos, pero en particular a mi me da problemas con estos dos juegos.
No$Zoomer: A mi me gusta dejarle pantallas horizontales. En config la opción 10% hace que el juego vaya bastante rapido (Util en algunos juegos),
Cuando juegues alguna partida, y lleves mucho tiempo, recomiendo guardar la partida, cerrar de vez en cuando No$GBA y abrirlo de nuevo, pues en caso de algún error o apagado involuntario del sistema, perderas lo que lleves hecho desde la ultima vez que abriste No$GBA.
Ojala te sea util
Suerte