Super sencillo, la actualizacion 1.4(de cualquier region), de nuestras DSi y DSiXL, producieron que TODAS, las tarjetas para usar backups, dejen de funcionar, como la DS-Lite no se actualiza, por eso la podes usar sin problemas, lo que tenes que hacer, es upgradear el "Bios" interno de la R4i-SDHC, para eso, tenes que consegirte los archivos de actualizacion(son archivos .nds) los metes en la microsd, de ahi a tu R4i, de ahi a tu DS-Lite, elegis el archivo .nds que te actualiza el bios, una ves que termine, vas a ver que lo vas a poder correr sin problema alguno...

encontre esta pag.(googlea un segundo, antes de hacer post, porque lo mas probable que tu problema ya le halla pasado a otra persona y se lo hayan resuelto)...
que dice como hacer lo del upgradeo, un cacho mas detallado que yo, y te da los archivos tambien....
esta es la pag

espero que lo puedas solucionar