Haber creo (hace mucho que no juego a este videojuego) que si te pasa los pokemon del rubi/zafiro al modo historia si que se puede lo que pasa es que en el modo combate,en el monte batalla hay una opcion que es luchar con pokemons de rubi/zafiro directamente sin la necesidad de transferirlos. esta ultima es la opcion que no hay que elegir, pero me parece que con la primera si que se puede.
De todas formas insisto en que hace mucho que no juego a este videojuego y no estoy muy seguro.
y por cierto me parece que no hace falta que los pokemons que intercambies sean los mismos