la unica manera es que TU (porque dudo que te quieran hacer un programa solo porque si) crees una aplicación que tenga una opción para mover de una carpeta genérica todos los chars que encuentre a la carpeta de chars del mugen y después modificar el selet.def, con un botón para seleccionar carpeta y uno para aplicar cambios. Fuera de eso dudo mucho que obtengas lo que pides.
__________________
Jugando: The King of Fighters XIII

Need for Speed Hot Pursuit, Marvel Super Hero Squad, Modern Warfare 2, Iron Man 2, The godfather II, Mafia II, Lego Indiana Jones II