creo que tu problema esta en la configuracion, prueba cambiandolo desde options --> Emulation Setup, en la pestaña Emulation busca la opcion "Reset/Startup Entrypoint" ponla en Start Catridge directly. Sino prueba con GBA Catridge Backup Media y NDS Catridge Backup Media, ponlas en Auto.
ah.. me olvidaba, checa las opciones de Bios al principio del post.
suerte, cualquier cosa pregunta