me parece que eso te esta pasando porque no tenes asignado al char bonus su stage correspondiente,y por lo tanto no anda:Ademas de agregar el bonus char, tenes que agregar la siguiente linea:
stages/"nombredelbonusstagequevinoconelchar".def,asi de esa forma,cada vez que en modo arcade,aparezca el bonus de mario(o de contra,o cualquier otro que necesite plataformas) queda asignado fijo y no cambia
Espero que eso sea tu problema,si no trata de postear un screenshot para que veamos que pasa,y recuerda de colocar ese stage en la carpeta correspondiente