Hola...
Seguramente tienes activada la opción en el emulador para grabar tu configuración en el registro de windows.
es3ado subio un archivo ini (configuracion) para este emulador, bájalo y copialo donde tienes el emulador, debería solucionarse el problema.
Aqui el link:
http://www.decemuladores.com/foros/t...de-es3ado.html
Baja en el post y busca "juegos y emulación", el link es de una version light del emulador que es3ado creo, en el incluye el archivo ini.
saludos...