No creo que eso sea posible, por que el emulador DS solamente te carga la ROM .nds
Ahora, si los programadores del emulador, parchean el emulador, permitiendo cargar la .sav de un juego de la gba y que al cargar el diamante o perla, en paralelo, este la reconozca si puede que sea posible, pero no creo que lo hagan.

PD: hay un progama llamado pokesav, en el que cargas la .sav de tu rom diamante o perla y te permite modificar casi todos los parametros del juego, pokemon, nombre de los personajes, objetos, eventos... de todo xD

saludos
agradeceme el post, si te sirvio de ayuda xfa