Un par de cosas:

1- A Deoxys se lo puede capturar en FR/LG, pero hay que usar un codigo que te transporta a la isla 9 (donde se lo puede capturar). Dependiendo de la version que tengan, varia el codigo. Lo mismo es para Lugia y Ho-oh (Isla 8).

2- Yo no recompendaria usar la materball en Mewtwo, porque puede ser fuerte, pero los "gatos legendarios" (entei, suicune o raiku) son mucho, MUCHO, mas dificiles y escurridisos.

3- Si quieren obtener un pokemon por cambio, sin tener que pasarlo 2 veces, con el VBA, copien o guarden el save a otra carpeta, y carguenlo con los 2 VBAy tenes los 2 juegos iguales.

4- Una tactica para que aparesca entei, suicune o raiku, el que te corresponda, era entrar a la cueva diglet, salir, usar el repelente maximo (que el 1er pokemon de tu equipo sea + de lvl 20-30, y empesar a caminar cerca de los entrenadores hasta que se gaste el repelente. Cuando se gaste,ir a la cueva y repetir hasta que aparesca. Cuando lo haga, masterball y listo.
La otra forma de atraparlo (sin masterball) es entrenar un traper (para que no pueda huir), y un catcher (para debilitarlo y ponerle una condicion especial y atraparlo).


edit: me habia olvidado. Para que aparescan los unknown, tenes que buscar una cueva que esta entre la ciudad y el mar/oceano donde estan las cuevas. Adentro de esa cueva, hay un puzzle que consiste en colocar rocas en unos agujeros, cuando pongas todas las rocas en cada uno de los agujeros, te va a decir que algo paso no muy lejos, y ahi aparecen los unkown en la cueva.

Una ultima cosa. No se si lo sabian, pero si pasan un pokemon de una version a otra, gana el 150% de experiencia (150 en vez de 100, 300 en vez de 200), lo que hace MUCHISIMO mas facil conseguir un lvl 100.